Il est clair que ses liens avec l’Amérique latine influencent sa vision du monde. L’un des domaines où cela se manifeste le plus est sa position sur l’immigration. À plus d’une occasion, il a exprimé son désaccord avec les politiques migratoires de Donald Trump, allant même jusqu’à partager sur les réseaux sociaux des publications critiquant les expulsions menées durant son mandat. L’une des plus grandes critiques auxquelles il a dû faire face avant de devenir pape concerne l’accusation d’avoir couvert des abus sexuels au sein de l’Église dans son propre diocèse de Chiclayo. Mais en 2022, trois femmes ont accusé deux prêtres d’abus commis en 2004 et ont affirmé que Prebost n’avait pas agi de manière appropriée lorsqu’il a reçu leurs plaintes.